Après quelques années de fonctionnement, l’établissement sera fermé au public devant la dégradation avancée des locaux et des équipements médicaux.
En 2005, la MUGEF-CI décide d’un projet de rénovation entièrement financé par elle sur fonds propres, d’un coût initial d’un milliard deux cent trente quatre millions cent quatre vingt six mille vingt quatre (1.234.186.024) de francs CFA. Dans sa volonté de renforcer la qualité du plateau technique, la MUGEF-CI n’hésitera pas à poursuivre les investissements, portant le coût à plus de deux milliards (2.000.000.000) de francs CFA.
Les travaux de rénovation ont été conduits par une équipe de cadres de la Direction Générale, conseillée et assistée par les services techniques du Ministère en charge de la santé. La rénovation a duré dix neuf mois (de novembre 2006 à juin 2008) et a permis la réhabilitation des bâtiments, l’augmentation de la superficie utile, la modernisation du plateau technique et l’acquisition de mobilier de bureau.
Après l’ouverture au public le 26 octobre 2009, la cérémonie officielle d’inauguration a eu lieu le 15 avril 2010.